Stammbaum der Familie Willamowski

Dem alternden Calov blieb auch ein Konflikt an der eigenen Fakultät nicht erspart. Johannes Meisner, der seine Professur kurz vor Calov erhalten hatte, rückte nach dem Tod Johann Scharfs zum Senior der Fakultät auf. Meisner, der in theologischen Standpunkten nicht so unnachgiebig war wie sein Amtskollege Calov, war letzterem ein Dorn im Auge. Deshalb beobachtete er Meisner, bis er 1675 während einer Disputation den Beweis glaubte gefunden zu haben, dass Meisner in der Abendmahlslehre von der lutherischen Auffassung abgewichen sei. Unverzüglich verfasste er ein Verzeichnis der angeblichen Irrtümer Meisners und beschuldigte ihn der Heterodoxie. Diese Auseinandersetzung erregte weithin ein derartiges Aufsehen, dass es sogar die theologische Fakultät der Leucorea in ihrem Ansehen schwächte.

Auch ein Vermittlungsversuch des Kurfürsten zwischen den Parteien scheiterte, so dass man die Streitpunkte zunächst einem theologischen Forum der befreundeten Universitäten von Leipzig, Gießen und Straßburg vorlegte. Da sich das Forum nicht einhellig äußerte, brachte man den Fall vor das Oberkonsistorium in Dresden. Dieses setzte ein Glaubensbekenntnis auf, das alle Glieder der Wittenberger Fakultät unterschreiben sollten. Das Bekenntnis war gänzlich im Sinne Calovs gehalten, so dass dieser es anstandslos unterschreiben konnte. Meisner hingegen wollte nur unter Vorbehalten unterzeichnen, musste sich aber dem Konsistorium 1680 fügen. Damit war die Auseinandersetzung äußerlich geklärt. Nach dem Tod Meisners ein Jahr später hatte Calov innerhalb der Fakultät keinen Widerstand mehr zu befürchten.

Calovs jüngere Amtskollegen Johann Andreas Quenstedt und Johannes Deutschmann standen ihm in treuer Ergebenheit zur Seite.